Der Vorstand der JCI Appenzellerland besteht aus vier Personen. Das Präsidium wird jeweils für ein Jahr gewählt, nachdem die Person zuvor ein Jahr als Vizepräsidium tätig war. Im Anschluss an das Präsidialjahr übernimmt sie die Rolle des Past-Präsidiums und begleitet insbesondere die Neumitglieder. Das Kassieramt wird für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt. Durch den jährlichen Wechsel im Präsidium ergeben sich jedes Jahr neue Möglichkeiten, Schwerpunkte zu setzen und den Horizont der Organisation zu erweitern.